Category Archives: Plant protein 7-11

โมเดลโครงสร้าง NMPF และการมอบหมายโครงสร้าง/ฟังก์ชัน ตามการค้นหาด้วย TMalign, MMalign และ HHsearch เทียบกับ SCOPe และ PDB เนื่องจากไม่มี NMPF ใดที่ตรงกับตระกูลโปรตีนที่รู้จัก (Pfam) หรือโครงสร้างใน PDB AlphaFold222 จึงถูกรันโดยไม่มีอินพุตเทมเพลต มีการสร้างแบบจำลองห้าแบบต่อการรัน และเลือกแบบจำลองที่มีค่าเฉลี่ย pLDDT ที่ดีที่สุดสำหรับการประเมินขั้นปลายน้ำ การกำหนดอนุกรมวิธานของ NMPF ดำเนินการบนพื้นฐานของข้อมูลอนุกรมวิธานที่มีอยู่ของโครงที่เกี่ยวข้องใน IMG สำหรับสมาชิกแต่ละคนของกลุ่ม ในกรณีที่ไม่มีคำอธิบายประกอบดังกล่าว เราจะใช้วิธีการเพิ่มเติมร่วมกันเพื่ออนุมานอนุกรมวิธานของฐานความช่วยเหลือด้วยคอมพิวเตอร์ (วิธีการ) จากโครง IMG/M ทั้งหมด 17,280,119 ชิ้นที่มีสมาชิก NMPF นั้น eight,049,154 … Continue reading →